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上海古朵生物科技有限公司

分子診斷: qPCR二代測序NGS和數(shù)字PCR如何選?

時間:2018-8-29閱讀:1404
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分子診斷是將分子生物學(xué)技術(shù)應(yīng)用于疾病診斷的醫(yī)學(xué)分支學(xué)科,利用分子生物學(xué)技術(shù)研究人體內(nèi)源性或外源性生物分子的存在、結(jié)構(gòu)或表達調(diào)控變化,為疾病的預(yù)防、預(yù)測、診斷、治療、預(yù)后和轉(zhuǎn)歸提供信息和決策依據(jù)。醫(yī)療的發(fā)展,將持續(xù)推動分子診斷的進步。目前常見核酸分子診斷技術(shù)涉及三個技術(shù):熒光定量PCR技術(shù)(qPCR)、高通量測序技術(shù)(NGS)和數(shù)字PCR。如何選擇,我們做一下簡要介紹。

 

qPCR通過熒光染料或熒光特異性探針,對PCR產(chǎn)物進行標(biāo)記跟蹤,實時監(jiān)控反應(yīng)過程。每擴增一條DNA鏈,就有熒光染料分子結(jié)合到雙鏈DNA上或有熒光分子從探針上釋放,實現(xiàn)熒光信號的累積。由于熒光積累與PCR產(chǎn)物形成*同步,可通過軟件對熒光積累信息進行分析和計算,獲得待測樣品模板的初始濃度。但是,qPCR只能夠通過標(biāo)準(zhǔn)曲線和標(biāo)準(zhǔn)品進行相對定量,無法做到定量。

 

NGS可以一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定。在基因組水平上,NGS可進行從頭測序而獲得該物種的全長序列,為后續(xù)研究奠定基礎(chǔ);對已知參考序列的物種,進行全基因組重測序可檢測新的突變位點,發(fā)現(xiàn)個體差異的分子基礎(chǔ)。在轉(zhuǎn)錄組水平上,NGS可進行全轉(zhuǎn)錄組測序,開展可變剪接、基因表達差異、新非編碼RNA分子發(fā)現(xiàn)等研究。NGS與染色質(zhì)免疫共沉淀和甲基化DNA免疫共沉淀技術(shù)相結(jié)合,可檢測出與特定轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的DNA區(qū)域和基因組上的甲基化位點。NGS功能強大,適合用于探索篩選新的生物標(biāo)志物,但是實驗操作較復(fù)雜,數(shù)據(jù)分析難度較大,檢測周期長,成本較高。

 

數(shù)字PCR是新興起來的一種核酸分子定量技術(shù)。該技術(shù)可直接獲得DNA分子的拷貝數(shù),實現(xiàn)起始樣品中核酸分子的定量,且無需標(biāo)準(zhǔn)品或內(nèi)標(biāo)。數(shù)字PCR已經(jīng)被廣泛應(yīng)用到醫(yī)學(xué)、生物學(xué)等各個領(lǐng)域,如拷貝數(shù)變異、突變檢測、復(fù)雜來源樣品中低豐度核酸分子檢測、NGS數(shù)據(jù)驗證、miRNA等微小差異表達研究、單細胞基因表達分析等方面,在已知突變的癌癥分子標(biāo)志物的檢測、傳染病病原體檢測、基因組三倍體分析和基因表達分析等領(lǐng)域展現(xiàn)了強大的優(yōu)勢。

 

在實驗過程中,大家會有疑問:選擇哪種檢測技術(shù)才能更好的達到預(yù)期結(jié)果?通過突變檢測限、定量能力、操作簡易程度、檢測費用、適用場所、發(fā)現(xiàn)未知序列等方面進行比較,您或許會有自己的答案。

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