短波紅外可以測定有機物以及部分無機物，這些物質分子中化學鍵結合的各種基團（如C=C，N=C,O=C,O=H,N=H）的伸縮、振動、彎曲等運動都有它固定的振動頻率，每種成分都有特定的吸收特征。因此短波紅外光譜非常適用于分析天然產物中與有機基團有直接或間接關系的成分，可用于食品、飼料成分分析、制藥成分分析、血液分析。目前，短波紅外光譜技術在農業和食品工業的諸多方面得到了廣泛的應用。

糧食品質分析

                    短波紅外在糧食品質分析方面，如：食品（面包等）的谷物原料、商業食品、奶制品的品質分析，茶葉和可可等的成分分析以及肉類、水果、蔬菜、甚至牛奶、飲料等方面，主要是測定糧食中的水分、蛋白質、脂肪、淀粉、氨基酶纖維素、灰分以及谷物的加工品質。如圖大豆籽粒的非破壞性分析。

同時，短波紅外可測定小麥及面粉灰分、水分、粒度含量等，從而奠定了它在面粉廠的重要應用地位。

此外，紅外分析儀還應用在農產品特征檢測中，包括果實損傷檢測、果實識別、植物生長信息測定。利用近紅外的漫反射圖像快速檢測蘋果的缺陷，主要采用多波長來解決水果果面的缺陷區和梗萼凹陷區的識別困難。

水果探傷檢測 ，通過對比發現，可見光（左）圖像從外觀上不能看出蘋果的內部情況，也無從判別內部是否產生腐爛或病變；而在短波紅外（右）的圖像中由于SWIR光線對水份有很高的吸收率，使得蘋果內部腐爛積液的部位很容易在SWIR下被檢測出來了。

飼料品質分析

在飼料品質分析方面，通常分析的飼料種類有：飼料、混合飼料所用的配料、魚粉、麩皮、干草、豆莢等，主要是分析飼料中的蛋白質、油分、水分、纖維。已有研究使用短波紅外反射光譜直接測定了熱帶、亞熱帶草地的碳水化合物含量。

如，綠茶品質的主要化學成分是總氮含量、游離氨基酸、咖啡yin 和茶多酚，傳統的化學方法分析一個樣品需要幾個小時的時間，而利用短波紅外光譜技術分析精度與傳統化學方法相似，而分析一個樣品只需要一分半鐘，分析效率提高幾十倍；它還可以非破壞性的檢測水果或蔬菜的品質，以及果品或蔬菜中營養物質的含量。

農產品分選和檢測

短波紅外用于農產品色選、分揀過程中，可檢測和辨別各種與產品顏色相同的缺陷和異物，例如：區分大米中的白色紙片、塑料、石子、玻璃碎片；區分茶葉與茶梗；區分煙絲與煙梗；區分脫殼與未脫殼的小麥等普通色選方式難以辨別的異物。

大米與玻璃碎片的混合物。通過短波紅外圖像（右）可明顯看出，其黑色部分為大米，白色部分為玻璃碎片；可見光圖像（左）則無法分辨

其他食品分析中的應用

◆  小麥、大麥和菜豆

主要檢測小麥、大麥和菜豆其中的蛋白質、纖維、水分、硬度

◆   面粉

主要檢測面粉中的水分、灰分、蛋白、面筋、硬度、顏色、脂肪、淀粉

◆   水果和蔬菜

主要檢測水果和蔬菜中的酸度、含水量、粗蛋白、膳食纖維、還原糖、*、β胡蘿卜素、*、干重物、可溶性固形物、總糖、有機酸、檸檬酸、蘋果酸、琥珀酸、葡萄糖、果糖、蔗糖、硝酸鹽、可溶性固形物等以及對品質的分級

◆   魚類

主要檢測魚中的蛋白質、脂肪、含水量、鹽分、熱量、氨基酸、脂肪酸、纖維素以及新鮮、冷凍程度、產品種類、真偽鑒別

◆   豆腐干

主要檢測豆腐干中的總酸、蛋白質和水分

◆   飲料

主要檢測飲料中的葡萄糖、果糖、蔗糖、酸度、有機酸等以及真偽鑒別

◆   咖啡

主要檢測咖啡中的咖啡yin 和綠原酸、水分、產地鑒別以及品質分級

◆   茶葉

主要檢測茶葉中的總氮、游離氨基酸、水分、茶多酚、咖啡 jian等以及對品質的分級

◆   面包和餅干

主要檢測面包中和餅干中的蛋白質、脂肪、水分、淀粉、面筋值

◆   食用油

主要檢測食用油中的碘值、酸值、黃色素、紅色素、黏度、鹽、氮、酒精、乳酸、*、葡萄糖。

◆   轉基因食品

主要檢測轉基因食品中的監測蛋白或DNA的變化以及標記基因的轉變。

以下是短波紅外系列產品：