1、當我們打開冷凍干燥機的總電源開關時，注意將其氣壓數顯保持為110pk；
2、想要溫度數顯為冷阱的實際溫度，我們可以按住冷凍干燥機控制面板上的總開關鍵三秒鐘以上；
3、在啟動制冷機后，我們應該預冷30
分鐘以上然后再使用；
4、將樣品放入樣品架，蓋上有機玻璃罩，并啟動真空泵；
5、等到氣壓數顯穩定后，隨時記錄下溫度和氣壓數值。
在使用時應該注意的事項：
1、盡可能擴大制備樣品的表面積，樣品中不應包括含有酸堿物質和揮發性的有機溶劑；
2、一定要保證樣品凍結成冰，否則將會造成殘留液體轉化為氣態而產生噴射；
3、冷阱溫度約為-65℃，可代替低溫冰箱，但為了防止凍傷必須戴好保溫手套進行操作；
4、出水閥擰緊與否和充氣閥是否關閉，必須是在啟動真空泵以前進行檢查，同時注意有機玻璃罩與橡膠圈的接觸面是否清潔無污物并且密封良好；
5、一般情況下，該機不得連續使用超過48
小時；
6、在冷凍干燥機冷凍樣品的過程中，溫度會逐漸降低，這時可以將仍處于冰凍狀態的樣品取出回暖一段時間后，在繼續干燥，這樣可以縮短干燥的時間。
在準備停機的時候要注意的事項有：
1、冷凍干燥機停機前的氣壓數值和溫度必須紀錄在案；
2、按住控制面板的充氣閥，同時應該立即關閉真空泵；
3、打開有機玻璃罩，取出樣品須等到氣壓數顯為大氣壓；
4、要關閉的時候，應按住總開關鍵三秒以上，最后才關閉冷凍干燥機的總電源開關；
5、在冷阱中的冰化成水后，可以打開出水閥，然后用干布將冷阱內壁清潔干凈，最后還要記住大張濾紙防塵。
