HPLC的流動相常見的脫氣方法有以下幾種：
1超聲波脫氣，配好的溶液超聲波脫氣10－30分鐘，可除去部分的氣體，脫氣效率在80%左右，注意流動相溫度會上升，溶劑會揮發，混合溶劑的比例會發生變化。
2真空脫氣，效果比超聲波好，要注意不同溶劑的揮發對流動相組成的影響。這里可以用真空泵也可以用水泵，純有機溶劑對真空泵有損壞作用。
3在線脫氣機，使用方便，效果與氦氣差不多，投入比較大。
4在線脫氣裝置，用氦氣，脫氣，耗材成本高。
如何避免氣泡的產生，可以從以下幾個方面來考慮。
1將確定的幾種流動相混合，用合適的方法脫氣，適合單泵體系的分析，這種體系要求比較低，脫氣不影響也不是很大，有條件在檢測器出口加一個反壓管或反壓柱。
2如果要梯度分析，或者幾個流路的等度分析，對于低壓混合的泵，建議先單獨各自脫氣，如有可能在檢測器出口接一個反壓柱，基本可避免氣泡的產生。當然，如果有在線脫氣機，則容易的多，不事先脫氣，大部分時間是沒問題的，事先脫氣效果更好。如果是高壓混合泵，產生氣泡的幾率比較低，在檢測器出口接一個反壓柱，一般不脫氣也沒問題；如果流動相再脫氣，極少再出現氣泡。
3還可以這樣考慮，例如純乙腈與純水混合時容易產生氣泡，尤其做梯度的時候。不用純乙腈與純水二相，建議用90%的乙腈及10%乙腈-水相預混合后脫氣，然后再上泵。
4在線脫氣裝置，流動相脫氣后，為了防止空氣重新溶解于流動相，在分析時，不斷在流動相中通氦氣，理論上效果是好的，只是成本比較高。
5脫好的溶液，放置時間長了，又會溶解新的氣體，需重新處理。
