肝癌異質(zhì)性的單細(xì)胞三重組學(xué)及ccfDNA甲基化組分析
4月23日，腫瘤異質(zhì)性學(xué)術(shù)研討會在上海好望角大飯店進(jìn)入第二天的議程，北京大學(xué)生物動(dòng)態(tài)光學(xué)成像中心助理研究員文路發(fā)表題為《肝癌異質(zhì)性的單細(xì)胞三重組學(xué)分析及肝癌患者循環(huán)游離DNA甲基化組分析》的報(bào)告。
文路研究員建立了一種名為單細(xì)胞三重組學(xué)的測序技術(shù)（scTrio-Seq)，實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞層面對腫瘤細(xì)胞進(jìn)行拷貝數(shù)變異、甲基化水平和轉(zhuǎn)錄組水平的三重組學(xué)分析。利用這一技術(shù)，文路研究團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)DNA拷貝數(shù)較多的區(qū)域中，基因表達(dá)量也隨之增高，反之亦然，從單細(xì)胞水平證實(shí)了基因表達(dá)的劑量效應(yīng)。文路研究員還對一例肝細(xì)胞癌組織進(jìn)行三重組學(xué)測序分析，將該組織在三個(gè)組學(xué)層面分為兩個(gè)不同的細(xì)胞亞群。其中數(shù)量較少的細(xì)胞亞群DNA拷貝數(shù)變異增多、DNA甲基化水平更高，表達(dá)更多轉(zhuǎn)移相關(guān)基因。
此外，文路研究員還建立了一種名為甲基化CpG短串聯(lián)擴(kuò)增與測序技術(shù)，能夠?qū)ν庵苎h(huán)游離DNA中超甲基化CpG島進(jìn)行高通量的組學(xué)分析。近年來循環(huán)游離DNA的研究已經(jīng)逐漸進(jìn)入公眾視野，而CpG島在腫瘤細(xì)胞中大量存在，可以在腫瘤細(xì)胞釋放的循環(huán)游離DNA中檢測到。然而由于循環(huán)游離DNA的含量過低，導(dǎo)致檢測異常困難。而通過甲基化CpG短串聯(lián)擴(kuò)增與測序技術(shù)，能夠非常靈敏地檢驗(yàn)到血液中的循環(huán)游離DNA中的CpG島。文路研究員發(fā)現(xiàn)肝癌患者血漿CpG島標(biāo)記物可以分為兩類，一類直接來源于肝癌組織，應(yīng)一類由肝癌組織和癌旁組織共同釋放，聯(lián)合這兩類標(biāo)記物，能夠高度地診斷出肝細(xì)胞癌。
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